Pracovníci univerzity se ve velké míře zapojují do mezinárodní spolupráce ve výzkumu a vývoji. Z tohoto hlediska byly významné především projekty 7. rámcového programu EU pro vědu a nyní Horizontu 2020. K říjnu 2017 se podařilo získat 44 projektů H2020. Mezi nimi jsou nejprestižnější zejména projekty Evropské výzkumné rady (ERC), které v současnosti představují nejkompetitivnější grantový systém na světě. V roce 2016 získala již druhý ERC grant prof. Jana Roithová (PřF) a v roce 2017 získal ERC Starting grant dr. Jiří Klimeš (MFF).

Univerzita a její součásti se také ve velké míře zapojují do programů Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy na podporu vědecko-výzkumné mezinárodní spolupráce a dále do programů Erasmus+.